네이버(naver)라는 명칭은 '항해하다'

네이버는 1997년 삼성SDS의 사내벤처인 '웹글라이더'에서 비롯되었다. 벤처 붐이 일던 당시 이해진을 비롯한 삼성SDS직원들은 사내 공모를 통해 사내벤처로 선발되어 지원을 받아 1998년 1월 첫 서비스를 시작했다. 이에 따라 창업 멤버[1]들은 1999년 분사하여 네이버컴을 설립하게 된다.

2000년에는 네이버가 한게임, 원큐, 서치솔루션을 인수하였는데, 당시 네이버컴의 기업규모는 작았고 자본력도 없었기 때문에 주식교환 방식으로 인수하면서 이해진 대표의 지분은 크게 낮아지고, 피인수 기업의 주주들은 네이버의 대주주가 된다. 한게임과의 합병은 빅딜로 여겨졌다. 네이버는 당시에 그다지 크지 않았다.

한게임은 1999년 12월 출시 이후 5개월만에 300만명의 유저를 모으는 건실한 기업이 되어 있었기 때문인데, 양측 모두 창업 초기라 시너지를 고려하여 합병하기로 한 것으로 보인다. 이로써 김범수 한게임 창업주가 네이버컴의 주주가 되었다.

다른 한편으로, 당시 엠파스는 "자연어 검색"으로 대히트를 치는데, 자연어 검색의 핵심 기술을 제공한 사람이 숭실대학교 이준호 컴퓨터공학과 교수였다. 이준호 교수는 이해진 네이버 창업주와 서울대-카이스트 선후배 사이였는데, 그의 기술을 눈여겨본 이해진은 그에게 어마어마한 제안을 한다. "내 밑에서 일해보지 않겠는가, 그게 싫다면 독립 법인을 차리면 내가 10억을 투자하고, 연구비로 월 4,000만원을 지원하겠다"고 한 것이다. 이 제안을 받아들여 이준호 교수는 서치솔루션이라는 회사를 차려 검색엔진 개발회사를 차려 연구를 시작했다. 그러나 자본이 많지 않았던 네이버컴은 결국 주식교환 방식으로 서치솔루션을 자회사로 인수하기로 하였던 것이다. 이로써 이준호 교수도 네이버컴의 대주주가 되었다. 이것이 13년 후 기업분할의 단초가 된다. 

이 당시까지는 인터넷 산업이 발달하지 않았던 시기인지라 인지도도 이미 한메일과 다음 카페로 대중적으로 확산돼 있던 Daum과는 비교 자체를 할 수 없을만큼 낮았고[3] 인터넷이라는 존재가 일상 생활과 접점이 별로 없었기 때문에 신생 중소기업으로만 알려져 있었던 편이다.

이용자 수도 적은편이라서 네이버는 5위에 불과했다.[4] 그러나 2001년부터 한게임과의 합병으로 엄청난 시너지 효과를 불어일으키며 2002년을 전후하여 야후, 다음과 겨룰수있을 정도의 포털사이트가 되었고 코스닥에도 등록되었다.

네이버가 5위 포털사이트에서 경쟁자들을 제치고 지금처럼 성장할 수 있게 된 계기는 2002년 10월 출범한 지식iN 서비스 덕분이었다. 이 서비스는 나중에 빅테크 들이 벤치마킹하기도 했다. 이후 급격히 이용자가 늘어나기 시작하자 이를 원동력으로 2003년 블로그와 카페 서비스를 개시하여 전지현을 전면에 내세운 광고로 공격적으로 마케팅하며 1위 검색엔진에 등극한다.

다음이 이미 내놓은 서비스와 내놓지 못한 서비스를 공격적으로 출시하면서 집토끼와 산토끼를 모두 잡아가는 공룡이 되더니 결국 2004년 6월 코스닥 시가총액 1위에 오른다. 기업의 규모가 커지자 2002년부터 머물렀던 테헤란로의 스타타워에서 떠나 2006년 분당벤처타운으로 자리를 옮긴다.